En la actualidad no existe un tratamiento que haya demostrado ser efectivo para curar el SFC, y lo que se trata son los síntomas. Muchas personas con este trastorno experimentan depresión y otros problemas psicológicos que pueden mejorar con tratamiento. 
Algunos de los tratamientos propuestos incluyen:

• Fármacos antivirales (como aciclovir)
• Fármacos para tratar infecciones "ocultas" producidas por levaduras (como nistatina)
• Fármacos para tratar la depresión (antidepresivos)
• Fármacos para tratar la ansiedad (ansiolíticos)
• Fármacos para disminuir el dolor, el malestar y la fiebre

Algunos medicamentos pueden causar reacciones adversas o efectos secundarios peores que los síntomas originales del síndrome de fatiga crónica.
Se recomienda que los pacientes afectados por este síndrome tengan una vida social activa; también podría ser beneficioso realizar actividad física suave.